Análises taxonômicas - Histórico de revisão

Leon: /* Importando para o MEGAN */

2011-11-08T13:26:07Z

Importando para o MEGAN

Leon: /* Importando para o MEGAN */

2011-11-08T13:24:39Z

Importando para o MEGAN

Leon: /* Importando para o MEGAN */

2011-11-08T13:24:21Z

Importando para o MEGAN

Leon: /* Análises (e gráficos) posteriores no Excel (Exportando do MEGAN */

2011-10-18T14:04:27Z

Análises (e gráficos) posteriores no Excel (Exportando do MEGAN

Leon: /* Importando para o MEGAN */

2011-10-18T14:03:57Z

Importando para o MEGAN

Leon em 18h41min de 2 de setembro de 2011

2011-09-02T18:41:01Z

Leon em 16h07min de 2 de setembro de 2011

2011-09-02T16:07:05Z

Leon: /* No servidor online */

2011-09-02T16:05:36Z

No servidor online

Leon: /* Pelo servidor do NCBI */

2011-09-02T14:10:37Z

Pelo servidor do NCBI

Leon em 14h09min de 2 de setembro de 2011

2011-09-02T14:09:38Z

@@ Linha 157: / Linha 157: @@
 Desta vez os seguintes valores devem ser utilizados:
-;Max number of matches: 5
+::Max number of matches: 5
-;Min support: 5
+::Min support: 5
-;Top percent: 10
+::Top percent: 10
-;Score: 60
+::Score: 60

@@ Linha 157: / Linha 157: @@
 Desta vez os seguintes valores devem ser utilizados:
-:Max number of matches: 5
+;Max number of matches: 5
-:Min support: 5
+;Min support: 5
-:Top percent: 10
+;Top percent: 10
-:Score: 60
+;Score: 60

← Versão anterior		Edição de 13h24min de 8 de novembro de 2011
Linha 151:		Linha 151:

	===Importando para o MEGAN===		===Importando para o MEGAN===
		+
		+	Agora que já temos o arquivo de classificação gerado pelo RDP e formatado em % podemos importá-lo para o MEGAN.
		+	#Para isto vá em ''"File>Import"'' ou pressione ''CRTL+SHIFT+O''
		+	#A seguir, indique o diretório dos arquivos requisitados
		+
		+	Desta vez os seguintes valores devem ser utilizados:
		+	:Max number of matches: 5
		+	:Min support: 5
		+	:Top percent: 10
		+	:Score: 60

@@ Linha 76: / Linha 76: @@
 ::Quando os resultados são importados de uma placa de shotgun metagenômico, então é feito um BLASTx ou n contra os reads e os valores dos parâmetros para importação mudam. Para uma corrida metagenômica de 454, utilizo os valores: '''Max number of matches... 5''' (ele vai buscar o ancestral comum dos 5 primeiros hits/organismos, e atribuir na árvore gerada), '''Min support: 5''',  um taxon somente será válido se 5 reads tiverem resultados iguais (isso evita falsos positivos), caso uma corrida tenha poucos reads (menos de 200 mil), eu diminuo para 3. '''Para o top percent utilizo 10''' (o score do segundo hit tem que ser no mínimo 10% do score do primeiro, idem para os demais hits). E em '''score''' eu coloco '''60''', para não utilizar qualquer resultado no blast; o valor 60 já elimina resultados ao acaso.
-===Análises (e gráficos) posteriores no Excel (Exportando do MEGAN===
+===Análises e gráficos no Excel (Exportando do MEGAN)===
 #De modo a exportar estes resultados para o Excel
 #Organize a árvore de acordo com o nível taxonômico desejado

← Versão anterior		Edição de 14h03min de 18 de outubro de 2011
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	::Quando os resultados são importados de uma placa de shotgun metagenômico, então é feito um BLASTx ou n contra os reads e os valores dos parâmetros para importação mudam. Para uma corrida metagenômica de 454, utilizo os valores: '''Max number of matches... 5''' (ele vai buscar o ancestral comum dos 5 primeiros hits/organismos, e atribuir na árvore gerada), '''Min support: 5''', um taxon somente será válido se 5 reads tiverem resultados iguais (isso evita falsos positivos), caso uma corrida tenha poucos reads (menos de 200 mil), eu diminuo para 3. '''Para o top percent utilizo 10''' (o score do segundo hit tem que ser no mínimo 10% do score do primeiro, idem para os demais hits). E em '''score''' eu coloco '''60''', para não utilizar qualquer resultado no blast; o valor 60 já elimina resultados ao acaso.		::Quando os resultados são importados de uma placa de shotgun metagenômico, então é feito um BLASTx ou n contra os reads e os valores dos parâmetros para importação mudam. Para uma corrida metagenômica de 454, utilizo os valores: '''Max number of matches... 5''' (ele vai buscar o ancestral comum dos 5 primeiros hits/organismos, e atribuir na árvore gerada), '''Min support: 5''', um taxon somente será válido se 5 reads tiverem resultados iguais (isso evita falsos positivos), caso uma corrida tenha poucos reads (menos de 200 mil), eu diminuo para 3. '''Para o top percent utilizo 10''' (o score do segundo hit tem que ser no mínimo 10% do score do primeiro, idem para os demais hits). E em '''score''' eu coloco '''60''', para não utilizar qualquer resultado no blast; o valor 60 já elimina resultados ao acaso.
		+
		+	===Análises (e gráficos) posteriores no Excel (Exportando do MEGAN===
		+	#De modo a exportar estes resultados para o Excel
		+	#Organize a árvore de acordo com o nível taxonômico desejado
		+	#Selecione todos os ramos (Crtl+A)
		+	#Vá em File>Export> Assignments to CSV e em seguida
		+	##''comma''
		+	###''taxon-paths, count(s)''
		+	#Abra o arquivo de texto separado por vírgulas resultante e copie seu conteúdo
		+	#Cole no Excel usando o assistente de colagem
		+	#Escolha apenas a separação por vírgulas

	==Através do BLAST==		==Através do BLAST==

← Versão anterior		Edição de 18h41min de 2 de setembro de 2011
Linha 1:		Linha 1:
		+	[[Categoria:Bioinformática]]
	INTRO		INTRO

← Versão anterior		Edição de 16h07min de 2 de setembro de 2011
Linha 61:		Linha 61:

	[[Arquivo:4.png\|center\|thumb\|400px\|Diferenças entre versões do RDP classifier]]		[[Arquivo:4.png\|center\|thumb\|400px\|Diferenças entre versões do RDP classifier]]
−
−	~~=====TITULO 5=====~~

	===Importando para o MEGAN===		===Importando para o MEGAN===

@@ Linha 56: / Linha 56: @@
 Quando aparecerem os resultados, clique em ''[show assignment detail]'' e depois em ''"download as text file"''.
-'''ATENÇÃO!'''
+====ATENÇÃO!====
 No momento '''há grandes diferenças'' entre os alinhamentos '''LOCAL''' (Standalone) e '''ONLINE do RDP Classifier'''. Recomendo (por enquanto) a utlização do método ONLINE por resultar em classificações mais detalhadas.
 [[Arquivo:4.png|center|thumb|400px|Diferenças entre versões do RDP classifier]]
 ===Importando para o MEGAN===

@@ Linha 136: / Linha 136: @@
 </pre>
-===Pelo servidor do NCBI===
+===No servidor do NCBI===
 ===Importando para o MEGAN===

@@ Linha 78: / Linha 78: @@
 Esta opção é indicada para sequências taxonômicas eucarióticas ou eucarióticas e procarióticas funcionais.
 ===De forma local===
@@ Linha 137: / Linha 135: @@
 blastn -query mydata\A07.fasta -out mydata\A07.blastout.nt.txt -db nt -evalue 1000 -num_alignments 10 -num_descriptions 10 -dust no
 </pre>
 ===Importando para o MEGAN===