Preparando o ambiente de trabalho - Histórico de revisão

Leon: /* Cygwin */

2012-02-06T17:44:18Z

Cygwin

2012-02-06T17:34:18Z

2012-01-13T15:02:15Z

2012-01-13T14:39:39Z

2012-01-13T14:38:57Z

2011-10-18T13:59:05Z

2011-10-18T13:55:33Z

2011-10-18T13:55:17Z

2011-09-06T17:41:59Z

Console

2011-09-06T17:40:16Z

← Versão anterior		Edição de 17h44min de 6 de fevereiro de 2012
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	This blog's post clears up things for me : I need to install '''ncurses''' package.		This blog's post clears up things for me : I need to install '''ncurses''' package.
		+
		+
		+	get file
		+	totalcount=$(grep -c "^>" D:\\blast\\reads-Archaea-1.fasta); completed=$(grep -c "^Query=" D:\\blast\\reads-Archaea.blastOut) ; percent=100*$completed/$totalcount ; echo $percent \| bc; sleep 5
		+
		+	watch -n 5 ./get

← Versão anterior		Edição de 17h34min de 6 de fevereiro de 2012
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	</pre>		</pre>
	no console e um texto informativo da versão instalada deve ser exibido.		no console e um texto informativo da versão instalada deve ser exibido.
		+
		+	==Cygwin==
		+
		+	watch is available in Cygwin, in the '''procps''' package as listed here (this info can be found via the package search on the website, here). I don't think this package is installed by the default cygwin setup, but it is one I usually select on new installs in order to have the watch command available.
		+
		+
		+	My Cygwin installation does nothing when I type "clear", it say it does not know this command or something. It is quite basic operation to be unavailable. Oh well, that's just life, nothing that a little googling couldn't help.
		+
		+	This blog's post clears up things for me : I need to install '''ncurses''' package.

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 Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios
-[[Arquivo:\wiki\images\1.png|center|thumb|400px|Estrutura de diretórios]]
+[[Arquivo:10.png|center|thumb|400px|Estrutura de diretórios]]
 Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL.

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 Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios
-[[Arquivo:images\1.png|center|thumb|400px|Estrutura de diretórios]]
+[[Arquivo:\wiki\images\1.png|center|thumb|400px|Estrutura de diretórios]]
 Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL.

@@ Linha 14: / Linha 14: @@
 Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios
-[[Arquivo:1.png|center|thumb|400px|Estrutura de diretórios]]
+[[Arquivo:images\1.png|center|thumb|400px|Estrutura de diretórios]]
 Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL.

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 Uma abordagem biológica ao PERL é o [http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page BIOPERL]; desenvolvido especialmente para análises de bioinformática.
-A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas.
+A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas. Inclusive a atualização dos banco de dados do NCBI (nr, nt..) necessários para o blast instalado localmente.
 Para instalar o BioPerl siga as [http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows instruções da wiki]
-(instale o ActivePerl e depois selecione as dependências desejadas).
+(instale o ActivePerl e depois selecione as dependências requeridas). Para testar basta digitar

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 <pre>
      copy dados.txt dados-copia.txt
-ou
      copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt
 </pre>

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 '''copy = copia um arquivo'''
 <pre>
-     copy dados.txt dados2.txt
+     copy dados.txt dados-copia.txt
      copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt
 </pre>

@@ Linha 50: / Linha 50: @@
      copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt
 </pre>
 <pre>
 cd .. = retorna o diretório um nível acima
@@ Linha 62: / Linha 64: @@
              C:\ANALISES\DADOS_DIR
 </pre>
 <pre>

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 [[Categoria:Bioinformática]]
-Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o command e o notepad do windows.
+Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o ''command'' e o ''notepad'' do windows.
 Uma delas, chamada [http://sourceforge.net/projects/console/ Console], substitui o cmd.exe e a outra, [http://notepad-plus-plus.org/ Notepad++], o notepad.exe