Tratamento de sequências - Histórico de revisão

Leon em 17h38min de 10 de fevereiro de 2012

2012-02-10T17:38:00Z

2012-02-10T17:37:02Z

2011-11-29T18:38:52Z

Gerando distâncias em formato phylip e um arquivo de grupos

2011-11-29T18:38:26Z

Gerando distâncias em formato phylip e um arquivo de grupos

2011-11-29T18:35:45Z

Gerando distâncias em formato phylip e um arquivo de grupos

2011-11-23T17:16:45Z

Análises Intraamostrais

2011-11-23T17:16:17Z

libshuff

2011-11-23T17:05:41Z

2011-11-23T17:04:07Z

Utilizando o MOTHUR

2011-11-09T14:46:29Z

Shared file

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 Abaixo uma versão adaptada do [http://www.mothur.org/wiki/Sogin_data_analysis Sogin data Analysis], juntamente com a descrição de cada comando.
-Alguns destes [http://db.tt/v19z8ojM arquivos] podem ajudá-lo na jornada a ser seguida :)
+==Arquivos úteis==
 ==Análises Intra-amostrais==

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	Abaixo uma versão adaptada do [http://www.mothur.org/wiki/Sogin_data_analysis Sogin data Analysis], juntamente com a descrição de cada comando.		Abaixo uma versão adaptada do [http://www.mothur.org/wiki/Sogin_data_analysis Sogin data Analysis], juntamente com a descrição de cada comando.
		+
		+	Alguns destes [http://db.tt/v19z8ojM arquivos] podem ajudá-lo na jornada a ser seguida :)

	==Análises Intra-amostrais==		==Análises Intra-amostrais==

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	</pre>		</pre>

−	~~:De posse do arquivo unificado,~~

		+	:De posse do arquivo unificado,
	'''siga os passos descritos na ordem descrita acima até o passo de filtragem de sequências (''unique.seqs, align.seqs e filter.seqs'')'''		'''siga os passos descritos na ordem descrita acima até o passo de filtragem de sequências (''unique.seqs, align.seqs e filter.seqs'')'''

@@ Linha 162: / Linha 162: @@
 </pre>
-:De posse do arquivo unificado, '''siga os passos descritos na ordem descrita acima até o passo de filtragem de sequências (''unique.seqs, align.seqs e filter.seqs'')'''
+:De posse do arquivo unificado,
 :Então execute o comando ''dist.seqs'' acrescente o parâmentro '''output=square''' para gerar um arquivo de saída no formato Phylip (matriz quadrangular). Desta forma:

@@ Linha 162: / Linha 162: @@
 </pre>
-:De posse do arquivo unificado, siga os passos descritos na ordem descrita acima até o passo de filtragem de sequências (unique.seqs, align.seqs e filter.seqs)
+:De posse do arquivo unificado, '''siga os passos descritos na ordem descrita acima até o passo de filtragem de sequências (''unique.seqs, align.seqs e filter.seqs'')'''
 :Então execute o comando ''dist.seqs'' acrescente o parâmentro '''output=square''' para gerar um arquivo de saída no formato Phylip (matriz quadrangular). Desta forma:

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 </blockquote>
-Para  executar o comando libshuff são necessários um '''arquivo de distancia em formato  Phylip''' e um '''arquivo de Grupos'''.
+Para  executar o comando libshuff são necessários um '''arquivo de ''distância'' em formato  Phylip''' e um '''arquivo de grupos'''.
 ====Gerando distâncias em formato phylip e um arquivo de grupos====

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 [[Categoria:Bioinformática]]
 O software MOTHUR, desenvolvido por Patrick Schloss, é composto vários programas agregados  (e aprimorados) em um só pacote, de modo a tornar as análises um processo sequencial.
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 <pre>
 rarefaction.single(freq=1)
 </pre>
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 <pre>
 chimera.uchime(fasta=ARQUIVO.align, reference=silva.gold.align)
 </pre>

@@ Linha 209: / Linha 209: @@
 <pre>
 label	Group	numOtus	Otu001	Otu002	Otu003	Otu004	Otu005	Otu006	Otu007	Otu008	Otu009	Otu010
-.02	Site1	10	0	3	1	1	1	1	1	1	1	0
+.02	Site1	7	0	3	1	0	0	1	0	1	1	0
-.02	Site2	10	1	1	0	2	1	2	1	0	1	1
+.02	Site2	9	1	0	0	2	1	2	1	0	1	1
-.02	Site3	10	2	0	1	1	1	1	1	0	3	0
+.02	Site3	4	0	0	1	0	0	0	0	0	3	0
 </pre>