Instalando ferramentas de alinhamento local

Intro

BLAST

Nesta página estão o links para download de todos os programas/arquivos citados abaixo.

Siga o passo-a-passo fornecido pelo NCBI

1. Faça o download da versão mais recente para windows;
2. Descompactar em um caminho curto (C:\blast);
3. Propriedades do Meu Computador>Configurações Avançadas>Avançado> Variáveis Ambientais;
4. Adicionar ‘C:\Blast\bin’ a variável ‘Path’ (caso o instalador não tenha feito isso);
5. Caso deseje usar o blast legacy, criar um arquivo chamado ncbi.ini em 'C:\windows' com o seguinte conteúdo:

Start the section for BLAST configuration

[BLAST]

Specifies the path where BLAST databases are installed

BLASTDB=C:\\blast\\db

Specifies the data sources to use for automatic resolution

for sequence identifiers

DATA_LOADERS=none

Specifies the BLAST database to use resolve protein sequences

BLASTDB_PROT_DATA_LOADER=nr

Specifies the BLAST database to use resolve protein sequences

BLASTDB_NUCL_DATA_LOADER=nt

Windowmasker settings (experimental)

[WINDOW_MASKER] WINDOW_MASKER_PATH=C:\\blast\\db\\windowmasker

end of file

Segundo o manual do Blast legacy (com ele é possível utilizar os comandos BLAST originais/linux):

Setup steps for legacy blast:

           The original standalone BLAST package based on NCBI C-toolkit (legacy blast) is deprecated. The installation of legacy blast package for Windows differs from that for blast+ described above.
           The legacy blast packages are located under a different ftp directory:
               ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release/LATEST/
               The packages are named with this convention: blast-#.#.#-CHIP-win#.exe, where #.#.# is the version, CHIP is the chipset, and win# is the operating system (32 or 64 bits)
           The packages do not contain installer function. It is recommended that the downloaded package be placed in a folder named blast-#.#.# (#.#.# to indicate version) first before extraction
           Double clicking the package will execute the self-exacting function to install the package by re-creating bin, doc and data subdirectories
           Configuring the legacy blast installation is similar to blast+. However, a additional DATA environment variable with the path to the "data" subdirectory as its value should be specified

Testando Blast Se a instalação deu-se corretamente, então basta abrir um console e digitar: blastp -help (para testar a versão windows) blastall (para testar a versão legacy) O próximo passo é fazer o download dos banco de dados (preformatados) de interesse (NT para nucleotídeos, NR para proteínas, WGS para genomas completos..) e descompactá-los (todos os arquivos) dentro da pasta 'db' do diretório de instalação do BLAST.

Navegar até a pasta onde estão as sequências-alvo; então: blastn -db db\nr -query mydata\A07.fasta -out mydata\A07blastout.txt blastall -p blastp -d db\nr -i mydata\1.fasta -o mydata\1blastout.txt Caso tenha alguma dúvida sobre a funcionalidade de um programa BLAST+ tente: blastx -h blastx -help Para o blast legacy, basta executar o programa sem nenhum parâmetro especificado: blastall OBS: Para realizar qualquer alinhamento são necessárias todas as partes do banco de dados em questão; NR + NT equivalem a ~11gb atualmente (07.2011).

   Ex.: arquivos 0 a 6 do banco de dados NR; nr.00.tar.gz, nr.01.tar.gz […] nr.06.tar.gz
   Outra possibilidade é a criação de um banco de dados apenas com sequencias de interesse a partir de um arquivo fasta (ver abaixo).

Para a lista completa de comandos do blastall, consulte o NCBI! Criando um banco de dados Como parte do BLAST+ o programa makeblastdb.exe é responsável pela formatação de arquivos fasta no formato de banco de dados legível pelos programas BLAST: makeblastdb.exe -help [-title database_title][-parse_seqids] [-hash_index][-mask_data mask_data_files][-out database_name][-max_file_sz number_of_bytes][-taxid TaxID][-taxid_map TaxIDMapFile][-logfile File_Name][-version] To make a blast database: makeblastdb.exe -in some_fasta.fa -dbtype nucl -title some_name -out database Bancos de dados BLAST do NCBI

Abaixo segue trechos do texto original sobre as DBs (databases) do NCBI:

Atualizando e mantendo DBs NCBI BLAST DESCREVER updater_pl e dependencias perl