Lista de Ferramentas de Bioinformática
(Diferença entre revisões)
(→Aplicativos online e standalone) |
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;[http://www.expasy.org/ Expert Protein Analysis System] | ;[http://www.expasy.org/ Expert Protein Analysis System] | ||
| − | ;Integrated Microbial Genomes | + | ;[http://www.expasy.org/ Integrated Microbial Genomes] |
| − | ;List of biological databases | + | ;[http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_biological_databases List of biological databases] |
:Wiki com uma lista de banco de dados biológicos | :Wiki com uma lista de banco de dados biológicos | ||
| − | ;Python Bioinformatics Course | + | ;[http://intro-prog-bioinfo-2010.wikispaces.com/ Python Bioinformatics Course] |
| − | ;GMOD | + | ;[http://gmod.org/wiki/Main_Page GMOD] |
| − | ;Phylogeny.fr | + | ;[http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/index.cgi Phylogeny.fr] |
:Ferramentas on-line de alinhamento e criação de árvores | :Ferramentas on-line de alinhamento e criação de árvores | ||
| − | ;iTol | + | ;[http://itol.embl.de/index.shtml iTol] |
:Interative Tree of Life | :Interative Tree of Life | ||
| − | ;t-Align | + | ;[http://inismor.ucd.ie/%7Etalign/index.html t-Align] |
:Compara réplicas de T-RFLP | :Compara réplicas de T-RFLP | ||
| − | ;ARB | + | ;[http://www.arb-home.de/ ARB] |
| − | ;Orphelia | + | ;[http://orphelia.gobics.de/ Orphelia] |
:Metagenomic ORF finder | :Metagenomic ORF finder | ||
| − | ;MEGA | + | ;[http://www.megasoftware.net/ MEGA] |
| − | ;ModelTest | + | ;[http://darwin.uvigo.es/software/jmodeltest.html ModelTest] |
:Teste de modelos de alinhamento | :Teste de modelos de alinhamento | ||
Edição de 13h18min de 31 de agosto de 2011
Tabela de conteúdo |
Aplicativos online e standalone
- Expert Protein Analysis System
- Integrated Microbial Genomes
- List of biological databases
- Wiki com uma lista de banco de dados biológicos
- Python Bioinformatics Course
- GMOD
- Phylogeny.fr
- Ferramentas on-line de alinhamento e criação de árvores
- iTol
- Interative Tree of Life
- t-Align
- Compara réplicas de T-RFLP
- ARB
- Orphelia
- Metagenomic ORF finder
- MEGA
- ModelTest
- Teste de modelos de alinhamento
Análises de sequências e alinhamento
- Embl Tools
- NCBI Tools
- EsyPred3D
- Predição de estruturas protéicas 3D
- Bioperl
- Dependências BIO para PERL
- Blast NCBI Online
- Blast do NCBI
- CodonCode Aligner
- Clustal
- Alinhamento múltiplo de forma local
Análises metagenômicas
- MEGAN
- MEtaGenome ANalyzer
- JCVI Metarep
- Análises metagenômicas (necessita de sequencias anotadas)
- JCVI Manatee
- Software de anotação de sequências
- JCVI Annotation service
- Serviço de anotação de sequências
- JCoast
- GenDB
- MG-RAST
- The Metagenomics RAST (online)
- MegX
- Portal for marine ecological genomics
- JGI GEBA
- IMG GEBA
- NBC
- Naïve Bayesian Classification tool
- WebCarma (login)
- PhyolOTU
- A High-Throughput Procedure Quantifies Microbial Community Diversity and Resolves Novel Taxa from Metagenomic Data
- CAMERA 2.0
- IMG MER
- GreenGenes
- The greengenes web application provides access to the current and comprehensive 16S rRNA gene sequence alignment for browsing, blasting, probing, and downloading.
- MetaPhyller
- Estimating Bacterial Composition from Metagenomic Sequences (linux)
- WebMGA
- Ótimo framework com várias ferramentas online, como ORF_finder e fragGeneScan
- FragGeneScan
- Orf finder tool
Blogs e Tutoriais
- NCBI News
- Biowisdom
- LabInfo LNCC
- Spatial Analisys in Macroecology
- Sabia Metagenome
- The Bionformatics Blog
- What’s hot in Bioinformatics
- Bionformatics Tools
- Lista de blogs
- Blogs de bioinformática
- http://stackoverflow.com/questions/2051319/bioinformatics-resources
- Learning R
- As the title says, tips to learn R
- Helix Soft
- Do mesmos desenvolvedores do wikiPathways
- N Saunders
- SciVee
- Science Youtube
- Bioinformatics Zen
- Família Phylip de programas
- Aprendendo R
- Learn R
- Curso R
- Introdução à estatística básica com R
- Applied statistics for bioinformatics using R
- TINN-R
- SciViews
- GUI for R
- Bioconductor
- Diversos pacotes de análise Bioinformatica
