Lista de Ferramentas de Bioinformática
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==Blogs e Tutoriais== | ==Blogs e Tutoriais== | ||
| − | ;NCBI News | + | ;[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/feed/rss.cgi NCBI News] |
| − | ;Biowisdom | + | ;[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/feed/rss.cgi Biowisdom] |
| − | ;LabInfo LNCC | + | ;[http://www.labinfo.lncc.br/ LabInfo LNCC] |
| − | ;Spatial Analisys in Macroecology | + | ;[http://www.ecoevol.ufg.br/sam/ Spatial Analisys in Macroecology] |
| − | ;Sabia Metagenome | + | ;[http://www.sabiametagenome.lncc.br/login Sabia Metagenome] |
| − | ;The Bionformatics Blog | + | ;[http://bioinformatics.whatheblog.com/ The Bionformatics Blog] |
| − | ;What’s hot in Bioinformatics | + | ;[http://hot-bioinformatics.blogspot.com/ What’s hot in Bioinformatics] |
| − | ;Bionformatics Tools | + | ;[http://bioinformatictools.blogspot.com/ Bionformatics Tools] |
| − | ;Lista de blogs | + | ;[http://biostar.stackexchange.com/questions/112/your-favorite-bioinformatics-blogs Lista de blogs] |
:Blogs de bioinformática | :Blogs de bioinformática | ||
| − | ;http:// | + | ;[http://bcbio.wordpress.com/ Blue Collar bioinformatics] |
| − | ;Learning R | + | ;[http://blog.mckuhn.de/ BioCS] |
| + | :biology as computational science | ||
| + | ;[http://finchtalk.geospiza.com/ Finch Talk] | ||
| + | ;[http://news.open-bio.org/news/ OBF] | ||
| + | :Open source bioinfomatics | ||
| + | [http://www.mailund.dk/ Mailund] | ||
| + | ;[http://learnr.wordpress.com/ Learning R] | ||
:As the title says, tips to learn R | :As the title says, tips to learn R | ||
| − | ;Helix Soft | + | ;[http://www.helixsoft.nl/blog/ Helix Soft] |
| − | :Do mesmos desenvolvedores do wikiPathways | + | :Do mesmos desenvolvedores do [http://www.wikipathways.org/ wikiPathways] |
| − | ;N Saunders | + | ;[http://nsaunders.wordpress.com/ N Saunders] |
| − | ;SciVee | + | ;[http://www.scivee.tv/ SciVee] |
:Science Youtube | :Science Youtube | ||
| − | ;Bioinformatics Zen | + | ;[http://www.bioinformaticszen.com/ Bioinformatics Zen] |
| − | ;Família Phylip de programas | + | ;[http://www.lbem.icb.ufmg.br/aulas/pg/phylip.html Família Phylip de programas] |
;Aprendendo R | ;Aprendendo R | ||
| − | :Learn R | + | ::[http://www.ats.ucla.edu/stat/r/ Learn R] |
| − | :Curso R | + | ::[http://leg.ufpr.br/Rpira/Rpira/ Curso R] |
| − | :Introdução à estatística básica com R | + | ::[http://www.quintiliano.prof.ufu.br/index_arquivos/EBR.pdf Introdução à estatística básica com R] |
| − | :Applied statistics for bioinformatics using R | + | ::[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Krijnen-IntroBioInfStatistics.pdf Applied statistics for bioinformatics using R] |
| − | :TINN-R | + | ::[http://sourceforge.net/projects/tinn-r/ TINN-R] |
| − | :SciViews | + | ::[http://www.sciviews.org/SciViews-R/ SciViews] |
:;GUI for R | :;GUI for R | ||
| − | :Bioconductor | + | :;[http://www.bioconductor.org/ Bioconductor] |
| − | : | + | ::Diversos pacotes de análise Bioinformatica |
Edição de 13h35min de 31 de agosto de 2011
Tabela de conteúdo |
Aplicativos online e standalone
- Expert Protein Analysis System
- Integrated Microbial Genomes
- List of biological databases
- Wiki com uma lista de banco de dados biológicos
- Python Bioinformatics Course
- GMOD
- Phylogeny.fr
- Ferramentas on-line de alinhamento e criação de árvores
- iTol
- Interative Tree of Life
- t-Align
- Compara réplicas de T-RFLP
- ARB
- Orphelia
- Metagenomic ORF finder
- MEGA
- ModelTest
- Teste de modelos de alinhamento
Análises de sequências e alinhamento
- Embl Tools
- NCBI Tools
- EsyPred3D
- Predição de estruturas protéicas 3D
- Bioperl
- Dependências BIO para PERL
- Blast NCBI Online
- Blast do NCBI
- CodonCode Aligner
- Clustal
- Alinhamento múltiplo de forma local
Análises metagenômicas
- MEGAN
- MEtaGenome ANalyzer
- JCVI Metarep
- Análises metagenômicas (necessita de sequencias anotadas)
- JCVI Manatee
- Software de anotação de sequências
- JCVI Annotation service
- Serviço de anotação de sequências
- JCoast
- GenDB
- MG-RAST
- The Metagenomics RAST (online)
- MegX
- Portal for marine ecological genomics
- JGI GEBA
- IMG GEBA
- NBC
- Naïve Bayesian Classification tool
- WebCarma (login)
- PhyolOTU
- A High-Throughput Procedure Quantifies Microbial Community Diversity and Resolves Novel Taxa from Metagenomic Data
- CAMERA 2.0
- IMG MER
- GreenGenes
- The greengenes web application provides access to the current and comprehensive 16S rRNA gene sequence alignment for browsing, blasting, probing, and downloading.
- MetaPhyller
- Estimating Bacterial Composition from Metagenomic Sequences (linux)
- WebMGA
- Ótimo framework com várias ferramentas online, como ORF_finder e fragGeneScan
- FragGeneScan
- Orf finder tool
Blogs e Tutoriais
- NCBI News
- Biowisdom
- LabInfo LNCC
- Spatial Analisys in Macroecology
- Sabia Metagenome
- The Bionformatics Blog
- What’s hot in Bioinformatics
- Bionformatics Tools
- Lista de blogs
- Blogs de bioinformática
- Blue Collar bioinformatics
- BioCS
- biology as computational science
- Finch Talk
- OBF
- Open source bioinfomatics
- Learning R
- As the title says, tips to learn R
- Helix Soft
- Do mesmos desenvolvedores do wikiPathways
- N Saunders
- SciVee
- Science Youtube
- Bioinformatics Zen
- Família Phylip de programas
- Aprendendo R
- Learn R
- Curso R
- Introdução à estatística básica com R
- Applied statistics for bioinformatics using R
- TINN-R
- SciViews
- GUI for R
- Bioconductor
- Diversos pacotes de análise Bioinformatica
