Preparando o ambiente de trabalho

Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o command e o notepad do windows.

Uma delas, chamada Console, substitui o cmd.exe e a outra, Notepad++, o notepad.exe

Após instaladas, recomendo que você as fixe na barra de tarefas (botão direito no ícone do programa) para facilitar o acesso.

Configurações recomendadas

Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados.

Utilize caminhos curtos (ex: C:\blast ; D:\bioinfo), uma vez que teremos que digitá-los frequentemente.

Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios

Estrutura de diretórios

Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL.

Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes.

Console

Ao abrir o programa vá em "Edit> Settings..." No primeiro item (coluna a esquerda) "console" , em "Startup dir:" defina o diretório de trabalho escolhido acima (ex.: C:\blast\)

Recomendo que você dê uma olhada em "Appearance" e em "Appearance>more" e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo:

Erro ao criar miniatura: Arquivo aparentemente inexistente: /srv/www/cc/lembiotech/wiki/images/f/fb/2.png

Configuração do Console

Erro ao criar miniatura: Arquivo aparentemente inexistente: /srv/www/cc/lembiotech/wiki/images/1/10/3.png

Configuração do Console

Agora que o programa está configurado, seguem alguns comandos básicos para windows:

cd = altera o diretório atual

     cd c:\windows

dir = lista os arquivos dentro do diretório atual

     dir

mkdir = cria um diretório

     mkdir teste
     mkdir c:\criar-diretorio\chamado\teste

copy = copia um arquivo

    copy dados.txt dados-copia.txt

    copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt

cd .. = retorna o diretório um nível acima
        assim, se você estiver em c\:windows
            o comando cd ..
                retornará ao diretório c:\
  
    Os ".." podem ser utilizados para abreviar o retorno a diretórios extensos, por exemplo:
        Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios:
            C:\ANALISES
            C:\ANALISES\TESTE_DIR
            C:\ANALISES\DADOS_DIR

Ao executar o programa TESTE.EXE estando dentro da pasta TESTE_DIR para a análise dos dados,
DADOS.TXT, que estão em um diretório superior DADOS_DIR, então temos: 
            C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe c:\analises\dados_dir\dados.txt
    Isto é a mesma coisa de executar:
            C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe ..\dados_dir\dados.txt

Para mais comandos consulte a interweb :D

Notepad++

O Notepad++ possui inúmeras funcionalidades, é altamente configurável e possui vários plugins e extensões.

No entanto, por enquanto pelo menos, indico apenas que você vá em "View" e selecione "Word wrap", e que o associe como aplicativo padrão de seus arquivos de texto.

Caso não queira realizar a associação, basta clicar com o botão direito em *qualquer* arquivo e escolher a opção "Edit with Notepad++".

PERL

A linguagem de programação PERL, devido às características intrínsecas da linguagem (tal como, sensibilidade a caracteres repetidos e/ou repetitivos), geralmente é utilizada para análise de sequências.

Uma abordagem biológica ao PERL é o BIOPERL; desenvolvido especialmente para análises de bioinformática.

A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas. Inclusive a atualização dos banco de dados do NCBI (nr, nt..) necessários para o blast instalado localmente.

Para instalar o BioPerl siga as instruções da wiki (instale o ActivePerl e depois selecione as dependências requeridas). Para testar basta digitar

perl -v

no console e um texto informativo da versão instalada deve ser exibido.

Cygwin

watch is available in Cygwin, in the procps package as listed here (this info can be found via the package search on the website, here). I don't think this package is installed by the default cygwin setup, but it is one I usually select on new installs in order to have the watch command available.

My Cygwin installation does nothing when I type "clear", it say it does not know this command or something. It is quite basic operation to be unavailable. Oh well, that's just life, nothing that a little googling couldn't help.

This blog's post clears up things for me : I need to install ncurses package.

get file totalcount=$(grep -c "^>" D:\\blast\\reads-Archaea-1.fasta); completed=$(grep -c "^Query=" D:\\blast\\reads-Archaea.blastOut) ; percent=100*$completed/$totalcount ; echo $percent | bc; sleep 5

watch -n 5 ./get