Preparando o ambiente de trabalho
(→Configurações recomendadas) |
(→Cygwin) |
||
| (40 edições intermediárias de um usuário não apresentadas) | |||
| Linha 1: | Linha 1: | ||
| − | Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o command e o notepad do windows. | + | [[Categoria:Bioinformática]] |
| + | |||
| + | Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o ''command'' e o ''notepad'' do windows. | ||
Uma delas, chamada [http://sourceforge.net/projects/console/ Console], substitui o cmd.exe e a outra, [http://notepad-plus-plus.org/ Notepad++], o notepad.exe | Uma delas, chamada [http://sourceforge.net/projects/console/ Console], substitui o cmd.exe e a outra, [http://notepad-plus-plus.org/ Notepad++], o notepad.exe | ||
| Linha 8: | Linha 10: | ||
Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados. | Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados. | ||
| − | Utilize caminhos curtos ( | + | Utilize caminhos curtos ''(ex: C:\blast ; D:\bioinfo)'', uma vez que teremos que digitá-los frequentemente. |
Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios | Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios | ||
| − | [[Arquivo: | + | [[Arquivo:10.png|center|thumb|400px|Estrutura de diretórios]] |
Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL. | Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL. | ||
| Linha 18: | Linha 20: | ||
Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes. | Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes. | ||
| − | Console Ao abrir o programa vá em 'Edit> Settings...' | + | ==Console== |
| − | No primeiro item (coluna a esquerda) 'console' , em 'Startup dir:' defina o diretório de trabalho escolhido acima (ex.: C:\blast\) | + | Ao abrir o programa vá em ''"Edit> Settings..."'' |
| + | No primeiro item (coluna a esquerda) ''"console"'' , em ''"Startup dir:"'' defina o diretório de trabalho escolhido acima (''ex.: C:\blast\'') | ||
| − | Recomendo que você dê uma olhada em 'Appearance' e em 'Appearance>more' e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo: | + | Recomendo que você dê uma olhada em ''"Appearance"'' e em ''"Appearance>more"'' e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo: |
| − | + | [[Arquivo:2.png|center|thumb|400px|Configuração do Console]] | |
| − | + | [[Arquivo:3.png|center|thumb|400px|Configuração do Console]] | |
Agora que o programa está configurado, seguem alguns comandos básicos para windows: | Agora que o programa está configurado, seguem alguns comandos básicos para windows: | ||
| + | '''cd = altera o diretório atual''' | ||
<pre> | <pre> | ||
| − | |||
cd c:\windows | cd c:\windows | ||
| − | + | </pre> | |
| − | dir = lista os arquivos dentro do diretório atual | + | '''dir = lista os arquivos dentro do diretório atual''' |
| + | <pre> | ||
dir | dir | ||
| − | + | </pre> | |
| − | mkdir = cria um diretório | + | '''mkdir = cria um diretório''' |
| + | <pre> | ||
mkdir teste | mkdir teste | ||
mkdir c:\criar-diretorio\chamado\teste | mkdir c:\criar-diretorio\chamado\teste | ||
| + | </pre> | ||
| + | '''copy = copia um arquivo''' | ||
| + | <pre> | ||
| + | copy dados.txt dados-copia.txt | ||
| − | |||
| − | |||
copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt | copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | <pre> | ||
cd .. = retorna o diretório um nível acima | cd .. = retorna o diretório um nível acima | ||
assim, se você estiver em c\:windows | assim, se você estiver em c\:windows | ||
| Linha 49: | Linha 59: | ||
retornará ao diretório c:\ | retornará ao diretório c:\ | ||
| − | Os | + | Os ".." podem ser utilizados para abreviar o retorno a diretórios extensos, por exemplo: |
Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios: | Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios: | ||
C:\ANALISES | C:\ANALISES | ||
C:\ANALISES\TESTE_DIR | C:\ANALISES\TESTE_DIR | ||
C:\ANALISES\DADOS_DIR | C:\ANALISES\DADOS_DIR | ||
| − | + | </pre> | |
| + | |||
| + | |||
| + | <pre> | ||
Ao executar o programa TESTE.EXE estando dentro da pasta TESTE_DIR para a análise dos dados, | Ao executar o programa TESTE.EXE estando dentro da pasta TESTE_DIR para a análise dos dados, | ||
DADOS.TXT, que estão em um diretório superior DADOS_DIR, então temos: | DADOS.TXT, que estão em um diretório superior DADOS_DIR, então temos: | ||
| Linha 65: | Linha 78: | ||
==Notepad++== | ==Notepad++== | ||
| − | O Notepad++ possui inúmeras funcionalidades, é altamente configurável e possui vários plugins e extensões. | + | O '''Notepad++''' possui inúmeras funcionalidades, é altamente configurável e possui vários plugins e extensões. |
| − | No entanto, por enquanto pelo menos, indico apenas que você vá em 'View' e selecione 'Word wrap', e que o associe como aplicativo padrão de seus arquivos de texto. | + | No entanto, por enquanto pelo menos, indico apenas que você vá em ''"View"'' e selecione ''"Word wrap"'', e que o associe como aplicativo padrão de seus arquivos de texto. |
| − | Caso não queira realizar a associação, basta clicar com o botão direito em *qualquer* arquivo e escolher a opção 'Edit with Notepad++' | + | Caso não queira realizar a associação, basta clicar com o botão direito em '''*qualquer*''' arquivo e escolher a opção ''"Edit with Notepad++"''. |
| − | + | ||
| − | + | ||
==PERL== | ==PERL== | ||
| − | A linguagem de programação [http://en.wikipedia.org/wiki/Perl PERL], devido às características intrínsecas da linguagem (tal como, sensibilidade a caracteres repetidos e/ou repetitivos). | + | A linguagem de programação [http://en.wikipedia.org/wiki/Perl PERL], devido às características intrínsecas da linguagem (tal como, sensibilidade a caracteres repetidos e/ou repetitivos), geralmente é utilizada para análise de sequências. |
Uma abordagem biológica ao PERL é o [http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page BIOPERL]; desenvolvido especialmente para análises de bioinformática. | Uma abordagem biológica ao PERL é o [http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page BIOPERL]; desenvolvido especialmente para análises de bioinformática. | ||
| − | A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas. | + | A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas. Inclusive a atualização dos banco de dados do NCBI (nr, nt..) necessários para o blast instalado localmente. |
Para instalar o BioPerl siga as [http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows instruções da wiki] | Para instalar o BioPerl siga as [http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows instruções da wiki] | ||
| − | (instale o ActivePerl e depois selecione as dependências | + | (instale o ActivePerl e depois selecione as dependências requeridas). Para testar basta digitar |
| + | <pre> | ||
| + | perl -v | ||
| + | </pre> | ||
| + | no console e um texto informativo da versão instalada deve ser exibido. | ||
| + | |||
| + | ==Cygwin== | ||
| + | |||
| + | watch is available in Cygwin, in the '''procps''' package as listed here (this info can be found via the package search on the website, here). I don't think this package is installed by the default cygwin setup, but it is one I usually select on new installs in order to have the watch command available. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | My Cygwin installation does nothing when I type "clear", it say it does not know this command or something. It is quite basic operation to be unavailable. Oh well, that's just life, nothing that a little googling couldn't help. | ||
| + | |||
| + | This blog's post clears up things for me : I need to install '''ncurses''' package. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | get file | ||
| + | totalcount=$(grep -c "^>" D:\\blast\\reads-Archaea-1.fasta); completed=$(grep -c "^Query=" D:\\blast\\reads-Archaea.blastOut) ; percent=100*$completed/$totalcount ; echo $percent | bc; sleep 5 | ||
| + | |||
| + | watch -n 5 ./get | ||
Edição atual tal como 14h44min de 6 de fevereiro de 2012
Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o command e o notepad do windows.
Uma delas, chamada Console, substitui o cmd.exe e a outra, Notepad++, o notepad.exe
Após instaladas, recomendo que você as fixe na barra de tarefas (botão direito no ícone do programa) para facilitar o acesso.
Tabela de conteúdo |
Configurações recomendadas
Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados.
Utilize caminhos curtos (ex: C:\blast ; D:\bioinfo), uma vez que teremos que digitá-los frequentemente.
Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios
Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL.
Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes.
Console
Ao abrir o programa vá em "Edit> Settings..." No primeiro item (coluna a esquerda) "console" , em "Startup dir:" defina o diretório de trabalho escolhido acima (ex.: C:\blast\)
Recomendo que você dê uma olhada em "Appearance" e em "Appearance>more" e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo:
Agora que o programa está configurado, seguem alguns comandos básicos para windows:
cd = altera o diretório atual
cd c:\windows
dir = lista os arquivos dentro do diretório atual
dir
mkdir = cria um diretório
mkdir teste
mkdir c:\criar-diretorio\chamado\teste
copy = copia um arquivo
copy dados.txt dados-copia.txt
copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt
cd .. = retorna o diretório um nível acima
assim, se você estiver em c\:windows
o comando cd ..
retornará ao diretório c:\
Os ".." podem ser utilizados para abreviar o retorno a diretórios extensos, por exemplo:
Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios:
C:\ANALISES
C:\ANALISES\TESTE_DIR
C:\ANALISES\DADOS_DIR
Ao executar o programa TESTE.EXE estando dentro da pasta TESTE_DIR para a análise dos dados,
DADOS.TXT, que estão em um diretório superior DADOS_DIR, então temos:
C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe c:\analises\dados_dir\dados.txt
Isto é a mesma coisa de executar:
C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe ..\dados_dir\dados.txt
Para mais comandos consulte a interweb :D
Notepad++
O Notepad++ possui inúmeras funcionalidades, é altamente configurável e possui vários plugins e extensões.
No entanto, por enquanto pelo menos, indico apenas que você vá em "View" e selecione "Word wrap", e que o associe como aplicativo padrão de seus arquivos de texto.
Caso não queira realizar a associação, basta clicar com o botão direito em *qualquer* arquivo e escolher a opção "Edit with Notepad++".
PERL
A linguagem de programação PERL, devido às características intrínsecas da linguagem (tal como, sensibilidade a caracteres repetidos e/ou repetitivos), geralmente é utilizada para análise de sequências.
Uma abordagem biológica ao PERL é o BIOPERL; desenvolvido especialmente para análises de bioinformática.
A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas. Inclusive a atualização dos banco de dados do NCBI (nr, nt..) necessários para o blast instalado localmente.
Para instalar o BioPerl siga as instruções da wiki (instale o ActivePerl e depois selecione as dependências requeridas). Para testar basta digitar
perl -v
no console e um texto informativo da versão instalada deve ser exibido.
Cygwin
watch is available in Cygwin, in the procps package as listed here (this info can be found via the package search on the website, here). I don't think this package is installed by the default cygwin setup, but it is one I usually select on new installs in order to have the watch command available.
My Cygwin installation does nothing when I type "clear", it say it does not know this command or something. It is quite basic operation to be unavailable. Oh well, that's just life, nothing that a little googling couldn't help.
This blog's post clears up things for me : I need to install ncurses package.
get file
totalcount=$(grep -c "^>" D:\\blast\\reads-Archaea-1.fasta); completed=$(grep -c "^Query=" D:\\blast\\reads-Archaea.blastOut) ; percent=100*$completed/$totalcount ; echo $percent | bc; sleep 5
watch -n 5 ./get
