Preparando o ambiente de trabalho

{{#css:

• {

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} a {

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} h1 a, h2 a, h3 a, h4 a, h5 a, h1 a:visited, h2 a:visited, h3 a:visited, h4 a:visited, h5 a:visited {

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} h1 {

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} h3 {

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} h4 {

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} h6 {

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} p { } img {

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} }}

Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o command e o notepad do windows.

Uma delas, chamada Console, substitui o cmd.exe e a outra, Notepad++, o notepad.exe

Após instaladas, recomendo que você as fixe na barra de tarefas (botão direito no ícone do programa) para facilitar o acesso.

Configurações recomendadas Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados. Se você planeja utilizar o blast localmente é interessante criar o diretório 'C:\blast'

Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios

Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL.

Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes.

Console Ao abrir o programa vá em 'Edit> Settings...' No primeiro item (coluna a esquerda) 'console' , em 'Startup dir:' defina o diretório de trabalho escolhido acima (ex.: C:\blast\)

Recomendo que você dê uma olhada em 'Appearance' e em 'Appearance>more' e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo:

Agora que o programa está configurado, seguem alguns comandos básicos para windows:

   cd = altera o diretório atual

cd c:\windows

   dir = lista os arquivos dentro do diretório atual

dir

   mkdir = cria um diretório

mkdir teste mkdir c:\criar-diretorio\chamado\teste

   copy = copia um arquivo

copy dados.txt dados2.txt copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt

   cd .. = retorna o diretório um nível acima
       assim, se você estiver em c\:windows
           o comando cd ..
               retornará ao diretório c:\
   os '..' podem ser utilizados para abreviar o retorno a diretórios extensos, por exemplo:
       Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios:
           C:\ANALISES
           C:\ANALISES\TESTE_DIR
           C:\ANALISES\DADOS_DIR
       Ao executar o programa TESTE.EXE estando dentro da pasta TESTE_DIR para a análise dos dados, DADOS.TXT, que estão em um diretório superior DADOS_DIR, então temos: 
           C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe c:\analises\dados_dir\dados.txt
       Isto é a mesma coisa de executar:
           C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe ..\dados_dir\dados.txt

Para mais comandos consulte a interweb :D Notepad++ O Notepad++ possui inúmeras funcionalidades, é altamente configurável e possui vários plugins e extensões.

No entanto, por enquanto pelo menos, indico apenas que você vá em 'View' e selecione 'Word wrap', e que o associe como aplicativo padrão de seus arquivos de texto.

Caso não queira realizar a associação, basta clicar com o botão direito em *qualquer* arquivo e escolher a opção 'Edit with Notepad++'.

Recomendo fortemente que você brinque com as configurações e procure plugins e tutoriais sobre o que é possivel fazer com este editor de texto. PERL A linguagem de programação PERL, devido às características intrínsecas da linguagem (tal como, sensibilidade a caracteres repetidos e/ou repetitivos). Uma abordagem biológica ao PERL é o BIOPERL; desenvolvido especialmente para análises de bioinformática. A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas. Parainstalar o BioPerl siga as instruções da wiki (instale o ActivePerl e depois selecione as dependências desejadas).