Preparando o ambiente de trabalho
Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o command e o notepad do windows.
Uma delas, chamada Console, substitui o cmd.exe e a outra, Notepad++, o notepad.exe
Após instaladas, recomendo que você as fixe na barra de tarefas (botão direito no ícone do programa) para facilitar o acesso.
Configurações recomendadas
Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados.
Utilize caminhos curtos (ex: C:\blast ; D:\bioinfo), uma vez que teremos que digitá-los frequentemente.
Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios
Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL.
Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes.
Console Ao abrir o programa vá em "Edit> Settings..." No primeiro item (coluna a esquerda) "console" , em "Startup dir:" defina o diretório de trabalho escolhido acima (ex.: C:\blast\)
Recomendo que você dê uma olhada em "Appearance" e em "Appearance>more" e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo:
Agora que o programa está configurado, seguem alguns comandos básicos para windows:
cd = altera o diretório atual
cd c:\windows
dir = lista os arquivos dentro do diretório atual
dir
mkdir = cria um diretório
mkdir teste
mkdir c:\criar-diretorio\chamado\teste
copy = copia um arquivo
copy dados.txt dados2.txt
copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt
cd .. = retorna o diretório um nível acima
assim, se você estiver em c\:windows
o comando cd ..
retornará ao diretório c:\
Os ".." podem ser utilizados para abreviar o retorno a diretórios extensos, por exemplo:
Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios:
C:\ANALISES
C:\ANALISES\TESTE_DIR
C:\ANALISES\DADOS_DIR
Ao executar o programa TESTE.EXE estando dentro da pasta TESTE_DIR para a análise dos dados,
DADOS.TXT, que estão em um diretório superior DADOS_DIR, então temos:
C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe c:\analises\dados_dir\dados.txt
Isto é a mesma coisa de executar:
C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe ..\dados_dir\dados.txt
Para mais comandos consulte a interweb :D
Notepad++
O Notepad++ possui inúmeras funcionalidades, é altamente configurável e possui vários plugins e extensões.
No entanto, por enquanto pelo menos, indico apenas que você vá em "View" e selecione "Word wrap", e que o associe como aplicativo padrão de seus arquivos de texto.
Caso não queira realizar a associação, basta clicar com o botão direito em *qualquer* arquivo e escolher a opção "Edit with Notepad++".
PERL
A linguagem de programação PERL, devido às características intrínsecas da linguagem (tal como, sensibilidade a caracteres repetidos e/ou repetitivos).
Uma abordagem biológica ao PERL é o BIOPERL; desenvolvido especialmente para análises de bioinformática.
A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas.
Para instalar o BioPerl siga as instruções da wiki (instale o ActivePerl e depois selecione as dependências desejadas).
