Preparando o ambiente de trabalho
(→Configurações recomendadas) |
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Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados. | Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados. | ||
− | Utilize caminhos curtos ( | + | Utilize caminhos curtos ''(ex: C:\blast ; D:\bioinfo)'', uma vez que teremos que digitá-los frequentemente. |
Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios | Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios | ||
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Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes. | Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes. | ||
− | Console Ao abrir o programa vá em 'Edit> Settings...' | + | Console Ao abrir o programa vá em ''"Edit> Settings..."'' |
− | No primeiro item (coluna a esquerda) 'console' , em 'Startup dir:' defina o diretório de trabalho escolhido acima (ex.: C:\blast\) | + | No primeiro item (coluna a esquerda) ''"console"'' , em ''"Startup dir:"'' defina o diretório de trabalho escolhido acima (''ex.: C:\blast\'') |
− | Recomendo que você dê uma olhada em 'Appearance' e em 'Appearance>more' e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo: | + | Recomendo que você dê uma olhada em ''"Appearance"'' e em ''"Appearance>more"'' e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo: |
[[Arquivo:2.png|center|thumb|400px|Configuração do Console]] | [[Arquivo:2.png|center|thumb|400px|Configuração do Console]] | ||
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retornará ao diretório c:\ | retornará ao diretório c:\ | ||
− | Os | + | Os ".." podem ser utilizados para abreviar o retorno a diretórios extensos, por exemplo: |
Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios: | Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios: | ||
C:\ANALISES | C:\ANALISES |
Edição de 10h55min de 31 de agosto de 2011
Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o command e o notepad do windows.
Uma delas, chamada Console, substitui o cmd.exe e a outra, Notepad++, o notepad.exe
Após instaladas, recomendo que você as fixe na barra de tarefas (botão direito no ícone do programa) para facilitar o acesso.
Configurações recomendadas
Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados.
Utilize caminhos curtos (ex: C:\blast ; D:\bioinfo), uma vez que teremos que digitá-los frequentemente.
Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios
Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL.
Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes.
Console Ao abrir o programa vá em "Edit> Settings..." No primeiro item (coluna a esquerda) "console" , em "Startup dir:" defina o diretório de trabalho escolhido acima (ex.: C:\blast\)
Recomendo que você dê uma olhada em "Appearance" e em "Appearance>more" e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo:
Agora que o programa está configurado, seguem alguns comandos básicos para windows:
cd = altera o diretório atual cd c:\windows dir = lista os arquivos dentro do diretório atual dir mkdir = cria um diretório mkdir teste mkdir c:\criar-diretorio\chamado\teste copy = copia um arquivo copy dados.txt dados2.txt copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt cd .. = retorna o diretório um nível acima assim, se você estiver em c\:windows o comando cd .. retornará ao diretório c:\ Os ".." podem ser utilizados para abreviar o retorno a diretórios extensos, por exemplo: Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios: C:\ANALISES C:\ANALISES\TESTE_DIR C:\ANALISES\DADOS_DIR Ao executar o programa TESTE.EXE estando dentro da pasta TESTE_DIR para a análise dos dados, DADOS.TXT, que estão em um diretório superior DADOS_DIR, então temos: C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe c:\analises\dados_dir\dados.txt Isto é a mesma coisa de executar: C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe ..\dados_dir\dados.txt
Para mais comandos consulte a interweb :D
Notepad++
O Notepad++ possui inúmeras funcionalidades, é altamente configurável e possui vários plugins e extensões.
No entanto, por enquanto pelo menos, indico apenas que você vá em 'View' e selecione 'Word wrap', e que o associe como aplicativo padrão de seus arquivos de texto.
Caso não queira realizar a associação, basta clicar com o botão direito em *qualquer* arquivo e escolher a opção 'Edit with Notepad++'.
Recomendo fortemente que você brinque com as configurações e procure plugins e tutoriais sobre o que é possivel fazer com este editor de texto.
PERL
A linguagem de programação PERL, devido às características intrínsecas da linguagem (tal como, sensibilidade a caracteres repetidos e/ou repetitivos).
Uma abordagem biológica ao PERL é o BIOPERL; desenvolvido especialmente para análises de bioinformática.
A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas.
Para instalar o BioPerl siga as instruções da wiki (instale o ActivePerl e depois selecione as dependências desejadas).