Preparando o ambiente de trabalho

Edição atual tal como 14h44min de 6 de fevereiro de 2012

Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o command e o notepad do windows.

Uma delas, chamada Console, substitui o cmd.exe e a outra, Notepad++, o notepad.exe

Após instaladas, recomendo que você as fixe na barra de tarefas (botão direito no ícone do programa) para facilitar o acesso.

[editar] Configurações recomendadas

Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados.

Utilize caminhos curtos (ex: C:\blast ; D:\bioinfo), uma vez que teremos que digitá-los frequentemente.

Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios

Estrutura de diretórios

Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL.

Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes.

[editar] Console

Ao abrir o programa vá em "Edit> Settings..." No primeiro item (coluna a esquerda) "console" , em "Startup dir:" defina o diretório de trabalho escolhido acima (ex.: C:\blast\)

Recomendo que você dê uma olhada em "Appearance" e em "Appearance>more" e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo:

Erro ao criar miniatura: Arquivo aparentemente inexistente: /srv/www/cc/lembiotech/wiki/images/f/fb/2.png

Configuração do Console

Erro ao criar miniatura: Arquivo aparentemente inexistente: /srv/www/cc/lembiotech/wiki/images/1/10/3.png

Configuração do Console

Agora que o programa está configurado, seguem alguns comandos básicos para windows:

cd = altera o diretório atual

     cd c:\windows

dir = lista os arquivos dentro do diretório atual

     dir

mkdir = cria um diretório

     mkdir teste
     mkdir c:\criar-diretorio\chamado\teste

copy = copia um arquivo

    copy dados.txt dados-copia.txt

    copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt

cd .. = retorna o diretório um nível acima
        assim, se você estiver em c\:windows
            o comando cd ..
                retornará ao diretório c:\
  
    Os ".." podem ser utilizados para abreviar o retorno a diretórios extensos, por exemplo:
        Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios:
            C:\ANALISES
            C:\ANALISES\TESTE_DIR
            C:\ANALISES\DADOS_DIR

Ao executar o programa TESTE.EXE estando dentro da pasta TESTE_DIR para a análise dos dados,
DADOS.TXT, que estão em um diretório superior DADOS_DIR, então temos: 
            C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe c:\analises\dados_dir\dados.txt
    Isto é a mesma coisa de executar:
            C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe ..\dados_dir\dados.txt

Para mais comandos consulte a interweb :D

[editar] Notepad++

O Notepad++ possui inúmeras funcionalidades, é altamente configurável e possui vários plugins e extensões.

No entanto, por enquanto pelo menos, indico apenas que você vá em "View" e selecione "Word wrap", e que o associe como aplicativo padrão de seus arquivos de texto.

Caso não queira realizar a associação, basta clicar com o botão direito em *qualquer* arquivo e escolher a opção "Edit with Notepad++".

[editar] PERL

A linguagem de programação PERL, devido às características intrínsecas da linguagem (tal como, sensibilidade a caracteres repetidos e/ou repetitivos), geralmente é utilizada para análise de sequências.

Uma abordagem biológica ao PERL é o BIOPERL; desenvolvido especialmente para análises de bioinformática.

A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas. Inclusive a atualização dos banco de dados do NCBI (nr, nt..) necessários para o blast instalado localmente.

Para instalar o BioPerl siga as instruções da wiki (instale o ActivePerl e depois selecione as dependências requeridas). Para testar basta digitar

perl -v

no console e um texto informativo da versão instalada deve ser exibido.

[editar] Cygwin

watch is available in Cygwin, in the procps package as listed here (this info can be found via the package search on the website, here). I don't think this package is installed by the default cygwin setup, but it is one I usually select on new installs in order to have the watch command available.

My Cygwin installation does nothing when I type "clear", it say it does not know this command or something. It is quite basic operation to be unavailable. Oh well, that's just life, nothing that a little googling couldn't help.

This blog's post clears up things for me : I need to install ncurses package.

get file totalcount=$(grep -c "^>" D:\\blast\\reads-Archaea-1.fasta); completed=$(grep -c "^Query=" D:\\blast\\reads-Archaea.blastOut) ; percent=100*$completed/$totalcount ; echo $percent | bc; sleep 5

watch -n 5 ./get