Preparando o ambiente de trabalho

{{#css:

1. content {

line-height: 1.5em;

}

1. content a {

text-decoration: none;
color: #333;
background: #ffff22;
padding: 1px 6px 1px 6px;
margin: 4px;

}

1. content a:hover {

color: #fff;
background: #aa0000;
text-decoration: underline;

}

1. content a:visited {

color: #fff;
background: #aabbff;

}

1. content a:active {

color: #fff;
background: #000;

}

1. content h1 a,#content h2 a,#content h3 a,#content h4 a,#content h5 a,#content h1 a:visited,#content h2 a:visited, #content h3 a:visited,#content h4 a:visited,#content h5 a:visited {

color: #fff;
text-decoration: none;
background: none;
padding: 1px 6px 1px 6px;
margin: 4px;

}

1. content h1 {

margin: 20px 0px 20px 0px;
border-bottom: 2px solid #444;
text-transform: uppercase;
background-color: #333;
color: #fff;
padding: 0 0 0 50px;
font: 36pt Georgia,"Times New Roman",Times,serif;

}

1. content h2 {

margin: 20px 0px 20px 0px;
border-bottom: 1px solid #666;
border-top: 1px solid #666;
background-color: #fff;
padding: 0 0 0 50px;
color: #111;
font: 26pt Georgia,"Times New Roman",Times,serif;

}

1. content h3 {

margin: 12px -50px 12px -50px;
color: #eee;
background-color: #111;
padding: 0 0 0 25px;
font: 16pt Georgia,"Times New Roman",Times,serif;

}

1. content h4 {

margin: 12px -50px 12px -10px;
padding: 0 0 0 10px;
color: #fff;
background-color: #666;
font: 16pt Georgia,"Times New Roman",Times,serif;

}

1. content h5 {

margin: 12px 50px 12px 50px;
padding: 0 0 0 30px;
color: #fff;
font-size: 11pt;
background-color: #aaa;
font: 14pt Georgia,"Times New Roman",Times,serif;

}

1. content h6 {

font: 11pt Courier New;
margin: 10px 0 10px 70px;
font-size: 11pt;

}

1. content p {

}

1. content img {

border: 1px solid #eee;
padding: 5px;

} }} Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o command e o notepad do windows.

Uma delas, chamada Console, substitui o cmd.exe e a outra, Notepad++, o notepad.exe

Após instaladas, recomendo que você as fixe na barra de tarefas (botão direito no ícone do programa) para facilitar o acesso.

Configurações recomendadas

Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados. Se você planeja utilizar o blast localmente é interessante criar o diretório 'C:\blast'

Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios

Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL.

Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes.

Console Ao abrir o programa vá em 'Edit> Settings...' No primeiro item (coluna a esquerda) 'console' , em 'Startup dir:' defina o diretório de trabalho escolhido acima (ex.: C:\blast\)

Recomendo que você dê uma olhada em 'Appearance' e em 'Appearance>more' e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo:

Agora que o programa está configurado, seguem alguns comandos básicos para windows:

cd = altera o diretório atual
     cd c:\windows

dir = lista os arquivos dentro do diretório atual
     dir

mkdir = cria um diretório
     mkdir teste
     mkdir c:\criar-diretorio\chamado\teste

copy = copia um arquivo
    copy dados.txt dados2.txt
    copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt

cd .. = retorna o diretório um nível acima
        assim, se você estiver em c\:windows
            o comando cd ..
                retornará ao diretório c:\
  
    Os '..' podem ser utilizados para abreviar o retorno a diretórios extensos, por exemplo:
        Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios:
            C:\ANALISES
            C:\ANALISES\TESTE_DIR
            C:\ANALISES\DADOS_DIR
    
Ao executar o programa TESTE.EXE estando dentro da pasta TESTE_DIR para a análise dos dados, DADOS.TXT, que estão em um diretório superior DADOS_DIR, então temos: 
            C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe c:\analises\dados_dir\dados.txt
    Isto é a mesma coisa de executar:
            C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe ..\dados_dir\dados.txt

Para mais comandos consulte a interweb :D

Notepad++

O Notepad++ possui inúmeras funcionalidades, é altamente configurável e possui vários plugins e extensões.

No entanto, por enquanto pelo menos, indico apenas que você vá em 'View' e selecione 'Word wrap', e que o associe como aplicativo padrão de seus arquivos de texto.

Caso não queira realizar a associação, basta clicar com o botão direito em *qualquer* arquivo e escolher a opção 'Edit with Notepad++'.

Recomendo fortemente que você brinque com as configurações e procure plugins e tutoriais sobre o que é possivel fazer com este editor de texto.

PERL

A linguagem de programação PERL, devido às características intrínsecas da linguagem (tal como, sensibilidade a caracteres repetidos e/ou repetitivos). Uma abordagem biológica ao PERL é o BIOPERL; desenvolvido especialmente para análises de bioinformática. A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas. Parainstalar o BioPerl siga as instruções da wiki (instale o ActivePerl e depois selecione as dependências desejadas).