Preparando o ambiente de trabalho

Como iremos utilizar bastante linhas de comando e arquivos de texto existem ferramentas mais confortáveis do que o command e o notepad do windows.

Uma delas, chamada Console, substitui o cmd.exe e a outra, Notepad++, o notepad.exe

Após instaladas, recomendo que você as fixe na barra de tarefas (botão direito no ícone do programa) para facilitar o acesso.

Configurações recomendadas

Primeiramente é necessário definir onde estarão armazenados os programas e scripts que serão utilizados.

Utilize caminhos curtos (eg: C:\blast ; D:\bioinfo), uma vez que teremos que digitá-los frequentemente.

Abaixo um exemplo de estrutura dos diretórios

Estrutura de diretórios

Como você pode ver, neste diretório também estão diversos outros programas: RDP classifier, Mothur, DOTUR e alguns scripts em PERL.

Nesta mesma pasta também encontram-se os arquivos de dados utilizados por todos os programas, unificados dentro de 'mydata', a fim de evitar a duplicação desnecessária de um mesmo arquivo diversas vezes.

Console Ao abrir o programa vá em 'Edit> Settings...' No primeiro item (coluna a esquerda) 'console' , em 'Startup dir:' defina o diretório de trabalho escolhido acima (ex.: C:\blast\)

Recomendo que você dê uma olhada em 'Appearance' e em 'Appearance>more' e configure o programa da forma que mais lhe agrade. Abaixo um exemplo:

IMAGEM

IMAGEM

Agora que o programa está configurado, seguem alguns comandos básicos para windows:

cd = altera o diretório atual
     cd c:\windows

dir = lista os arquivos dentro do diretório atual
     dir

mkdir = cria um diretório
     mkdir teste
     mkdir c:\criar-diretorio\chamado\teste

copy = copia um arquivo
    copy dados.txt dados2.txt
    copy dados.txt c:\criar-diretorio\chamado\teste\dados-copia.txt

cd .. = retorna o diretório um nível acima
        assim, se você estiver em c\:windows
            o comando cd ..
                retornará ao diretório c:\
  
    Os '..' podem ser utilizados para abreviar o retorno a diretórios extensos, por exemplo:
        Caso possua a seguuinte estrutura de diretórios:
            C:\ANALISES
            C:\ANALISES\TESTE_DIR
            C:\ANALISES\DADOS_DIR
    
Ao executar o programa TESTE.EXE estando dentro da pasta TESTE_DIR para a análise dos dados,
DADOS.TXT, que estão em um diretório superior DADOS_DIR, então temos: 
            C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe c:\analises\dados_dir\dados.txt
    Isto é a mesma coisa de executar:
            C:\ANALISES\TESTE_DIR>teste.exe ..\dados_dir\dados.txt

Para mais comandos consulte a interweb :D

Notepad++

O Notepad++ possui inúmeras funcionalidades, é altamente configurável e possui vários plugins e extensões.

No entanto, por enquanto pelo menos, indico apenas que você vá em 'View' e selecione 'Word wrap', e que o associe como aplicativo padrão de seus arquivos de texto.

Caso não queira realizar a associação, basta clicar com o botão direito em *qualquer* arquivo e escolher a opção 'Edit with Notepad++'.

Recomendo fortemente que você brinque com as configurações e procure plugins e tutoriais sobre o que é possivel fazer com este editor de texto.

PERL

A linguagem de programação PERL, devido às características intrínsecas da linguagem (tal como, sensibilidade a caracteres repetidos e/ou repetitivos).

Uma abordagem biológica ao PERL é o BIOPERL; desenvolvido especialmente para análises de bioinformática.

A instalação dos pacotes PERL permitirão a execução de scripts que possibilitam a automatização de diversas tarefas.

Para instalar o BioPerl siga as instruções da wiki (instale o ActivePerl e depois selecione as dependências desejadas).